chore(commands): evaluate and resolve 13 hidden-pending commands

[Wolfvin]

Context

Saat PR #195 merged, 13 commands tidak masuk ke umbrella manapun dan tidak di-drop -- statusnya "hidden pending BOS decision". Ini perlu diselesaikan.

13 Commands yang Perlu Diputuskan

Evaluasi setiap command: apakah outputnya benar? Apakah ada value yang tidak dicakup umbrella?

Kandidat absorb ke umbrella:

Command	Kandidat umbrella	Alasan
check	audit	CI quality gate -- logikanya mirip audit
deps-audit	security	OSV.dev dependency audit -- masuk security
missing-refs	audit	CSS/HTML mismatch -- masuk audit
plugin	tetap standalone visible	Plugin management -- unik, tidak overlap
list	search	List entries -- mirip search --mode symbol
query	search	Regex search -- mirip search --mode regex

Kandidat drop:

Command	Alasan drop
analyze	Overlap total dengan scan + audit + summary
lsp	Subset dari doctor --check lsp-status
entrypoints	Outputnya subset dari context --check orient
state-map	Tidak ada engine yang reliable di baliknya
config-drift	Overlap dengan audit --check staleness
test-map	Belum ada engine yang proven
type-infer	Belum ada engine yang proven

Tugas Worker

1. Jalankan setiap command di codebase test (fought/extension_source/ts) dan catat apakah outputnya substantif atau kosong/error
2. Untuk command yang outputnya substantif: absorb ke umbrella yang sesuai via --check flag (ikuti pattern di audit.py atau deps.py)
3. Untuk command yang outputnya kosong/error/overlap: hapus file .py-nya
4. plugin: jadikan visible (hidden=False, hapus deprecated_alias_for jika ada)

Constraint

• Ikuti pattern umbrella command yang ada (baca audit.py sebagai referensi)
• Jangan ubah engine files (hanya commands/*.py yang boleh disentuh)
• Setiap absorb harus test bahwa --check baru return output non-empty di codebase test

Definition of Done

1. Tidak ada lagi hidden-pending commands (semua sudah absorb atau drop)
2. codelens --command-count return 12 atau 13 (jika plugin jadi standalone visible)
3. Setiap check baru yang ditambah ke umbrella return output non-empty di fought/extension_source/ts
4. Commands yang di-drop tidak bisa dipanggil lagi (invalid choice)

Checklist Laporan Worker

• Hasil test per command (output substantif atau tidak)
• List commands yang di-absorb ke umbrella mana
• List commands yang di-drop
• Hasil codelens --command-count setelah selesai
• Test output untuk setiap --check baru yang ditambah

[Wolfvin]

Mengerjakan issue ini -- 2026-07-04T06:55:00Z

[Wolfvin]

PR siap review

PR: #201 -- fix(commands): resolve 13 hidden-pending commands (closes #200)
Branch: fix/issue-200-resolve-hidden-pending-commands
Summary: Resolved all 13 hidden-pending commands — 5 absorbed into umbrellas (check/missing-refs→audit, deps-audit→security, list/query→search), 1 made visible (plugin), 7 dropped (analyze, lsp, entrypoints, state-map, config-drift, test-map, type-infer). --command-count: 12→13, hidden-pending: 13→0.
Tests: 24 passed in test_issue195_consolidation.py (incl. 7 new #200 tests), 6 passed in test_command_count.py, 12 passed in test_cli.py query/list/check classes. Pre-existing failures unchanged (test_cli -f conflict, test_compact_format MCP graph_schema, test_doctor schema — all fail on clean main too).