fix(sync): keep downstream-only files when syncing folders

[oahsiao]

What

資料夾同步從 mirror 改為 overlay：manifest 中結尾為 / 的路徑（prompts/、instructions/）不再走 rsync --delete，只覆寫與中央同名的檔案。下游 repo 自己放在 .github/prompts/ 的專案專屬 prompt，只要檔名沒有跟中央重複就會被保留。

Why

已部署的下游 repo 在 .github/prompts/ 放了自己專案的 prompt file，每次自動同步都會被 rsync --delete 整批刪掉。同步應該只負責「中央有的檔案」，不該把下游自有內容視為髒資料清掉。

How

• .github/workflows/sync-m2-common-ai-reusable.yml：rsync -av --delete → rsync -av，並就地註明為何刻意不加 --delete。
• 排除的替代方案：維護一份「中央曾同步過的檔案清單」以精準刪除中央已移除的檔案。可行但需在下游額外落地狀態檔並處理漂移，複雜度不成比例；先採最小改動。
• 同步更新 .github/sync-manifest.txt 與 README.md 的規則說明，避免文件與實作不一致。

Impact

• 影響範圍：所有下游 repo 的自動同步行為（邏輯住在中央 reusable workflow，下游不需改任何檔案，下次排程自動生效）。
• Breaking change：有。依本 repo 版本規則「同步範圍調整＝major」，記為 v2.0.0。
  • 行為放寬，對既有檔案只增不減，下游無需遷移動作。
  • 但中央刪除或更名某個 prompt 時，下游的舊檔不會自動消失，需下游自行清理 —— 已寫入 CHANGELOG 與 README 注意事項。

Verification

• python scripts/validate.py 通過（4 個 prompt file，0 警告）
• 逐行檢視 diff，確認僅動到同步行為與對應說明文字，無夾帶其他變更
• YAML 解析檢查：本機未安裝 PyYAML，未在本地執行，交由 CI 的 Validate sync workflows are parseable 驗證
• 實際同步結果：需合併後由下游 repo 的下一次排程同步 PR 確認自有 prompt 未被刪除
• CI passed