Repo for project of SCAMT Workshop Week, July 2021
Задачи на понедельник:
- Зарегистрироваться на гитхабе
- Пройти тест на знание терминов, чтобы освежить
- Сформировать SSH ключи
- Научиться прокладывать туннель до сервера
- Выбрать рабочее название тула
- Форкнуть этот репозиторий себе (подробности например тут https://github.com/aglabx/edusummer2021/blob/main/github.md)
- Выбрать тестовых животных, можно начать с кори, но нужно найти геномы из разных видов.
- Каждому реализовать кусочек кода для расчетов базовых статистик:
- чтение фаста файла, можно использовать любые библиотеки на этом этапе
- записаь результатов в файл
- расчет N50
- расчет длины
- расчет GC
- расчет частот нуклеотидов
- подсчет частоты кмеров
- поиск ORF'ов
- частоты кодонов
- частоты аминокислот
Разные задачки разной сложности. Выбирите по своем скиллу.