BIOP01-52: Conclusions 시간차(lag) 헤드라인에 magnitude/signed 규약 라벨 명시

pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/draft_v2.md

@@ -180,7 +180,7 @@ We are careful about what this does and does not claim. It is a statement about
 
 ## Conclusions
 
-Of the several per-gene quantities that multiome velocity methods emit, the transcription rate α is the only one reliable enough for downstream use: it reproduces across methods (cross-method ρ=0.88, observed), is recoverable by an RNA-only floor, and is corroborated by an externally measured synthesis rate (non-housekeeping ρ +0.24 to +0.29, though transcript abundance tracks that measurement at least as strongly). The chromatin-to-transcription lag reproduces weakly at best in magnitude (strongest pair +0.163, most pairs |ρ|≤0.08) and only at chance in sign, is not driven by chromatin, and is sloppy in the likelihood; the degradation rate γ is fragile and is not recovered even where an external ground truth exists — the RNA-only scVelo γ even running reversed. This is a claim about the reliability of the current methods, not about the absence of timing biology. The contribution of this study is the resulting velocity-output reliability map — trust α and rate-derived signals, treat lag, sign, absolute timing and γ as requiring orthogonal validation — and the concrete downstream consequence that any timing-prediction model should be built on the robust baseline-to-α path rather than on a single-method lag.
+Of the several per-gene quantities that multiome velocity methods emit, the transcription rate α is the only one reliable enough for downstream use: it reproduces across methods (cross-method ρ=0.88, observed), is recoverable by an RNA-only floor, and is corroborated by an externally measured synthesis rate (non-housekeeping ρ +0.24 to +0.29, though transcript abundance tracks that measurement at least as strongly). The chromatin-to-transcription lag reproduces weakly at best (strongest pair +0.163 under the magnitude convention; most pairs, under the signed convention, at |ρ|≤0.08) and only at chance in sign, is not driven by chromatin, and is sloppy in the likelihood; the degradation rate γ is fragile and is not recovered even where an external ground truth exists — the RNA-only scVelo γ even running reversed. This is a claim about the reliability of the current methods, not about the absence of timing biology. The contribution of this study is the resulting velocity-output reliability map — trust α and rate-derived signals, treat lag, sign, absolute timing and γ as requiring orthogonal validation — and the concrete downstream consequence that any timing-prediction model should be built on the robust baseline-to-α path rather than on a single-method lag.
 
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pipeline/hspc-velocity-benchmark/manuscript/draft_v2_ko.md

@@ -163,7 +163,7 @@ Table 1과 의도적으로 분리한다. 이것은 velocity 출력의 *사용(us
 
 ## Conclusions
 
-multiome velocity 방법들이 산출하는 여러 유전자별 값 가운데, 전사 속도 α만이 하류 사용에 충분할 만큼 신뢰할 수 있다. 방법 간에 재현되고(cross-method ρ=0.88, 관측값), RNA 전용 floor로 복원되며, 외부에서 측정된 합성 속도로 보강된다(비-housekeeping ρ +0.24 ~ +0.29, 단 transcript abundance가 그 측정값을 최소한 그만큼 잘 예측한다). chromatin에서 transcription으로 이어지는 시간차(lag)는 크기에서 잘해야 약하게 재현되고(가장 강한 쌍 +0.163, 대부분의 쌍 |ρ|≤0.08) 부호에서는 우연 수준에 그치며, chromatin에서 비롯되지 않고, 우도에서 sloppy하다. 분해 속도 γ는 취약하고 외부 ground truth가 있는 곳에서도 복원되지 않으며, RNA 전용 scVelo γ는 심지어 거꾸로 간다. 이것은 현재 방법의 신뢰도에 대한 주장이지 timing 생물학의 부재에 대한 주장이 아니다. 이 연구의 기여는 그 결과로 얻은 velocity 출력 신뢰도 지도(α와 속도 파생 신호는 신뢰하고, 시간차·부호·절대 timing·γ는 직교 검증이 필요한 것으로 다룸)와, 어떤 timing 예측 모델이든 단일 방법 시간차가 아니라 강건한 baseline에서 α로 이어지는 경로 위에 세워야 한다는 구체적 하류 함의다.
+multiome velocity 방법들이 산출하는 여러 유전자별 값 가운데, 전사 속도 α만이 하류 사용에 충분할 만큼 신뢰할 수 있다. 방법 간에 재현되고(cross-method ρ=0.88, 관측값), RNA 전용 floor로 복원되며, 외부에서 측정된 합성 속도로 보강된다(비-housekeeping ρ +0.24 ~ +0.29, 단 transcript abundance가 그 측정값을 최소한 그만큼 잘 예측한다). chromatin에서 transcription으로 이어지는 시간차(lag)는 잘해야 약하게 재현되고(가장 강한 쌍은 magnitude 규약에서 +0.163, 대부분의 쌍은 signed 규약에서 |ρ|≤0.08) 부호에서는 우연 수준에 그치며, chromatin에서 비롯되지 않고, 우도에서 sloppy하다. 분해 속도 γ는 취약하고 외부 ground truth가 있는 곳에서도 복원되지 않으며, RNA 전용 scVelo γ는 심지어 거꾸로 간다. 이것은 현재 방법의 신뢰도에 대한 주장이지 timing 생물학의 부재에 대한 주장이 아니다. 이 연구의 기여는 그 결과로 얻은 velocity 출력 신뢰도 지도(α와 속도 파생 신호는 신뢰하고, 시간차·부호·절대 timing·γ는 직교 검증이 필요한 것으로 다룸)와, 어떤 timing 예측 모델이든 단일 방법 시간차가 아니라 강건한 baseline에서 α로 이어지는 경로 위에 세워야 한다는 구체적 하류 함의다.
 
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